葦名城 本城(忍軍襲来)
お宿り石と馨し水蓮を入手後、葦名城 本城に鬼仏で移動できなくなっている。
捨て牢入り口だけは移動できるので、まずは捨て牢 入り口へ移動して、そこから葦名城入り口へ移動すると、忍軍に葦名城が襲撃を受けている。
この状態での葦名城は、基本的なマップは同じだが、いくつかの通路が通れなくなったり、出現する敵や落ちているアイテムが変化している。(出現する敵はほとんど変わっているが、アイテムは忍軍襲来前に未取得のアイテムはそのまま配置されている)
ストーリーを進めるには天守閣を目指す必要があるが、その前に使えなくなっている鬼仏を解放したり強敵を倒したりと、一通りエリア探索をしておくとよいだろう。
堀の水を潜って進む
葦名城 本城前の橋が落とされていて普通に城内に入ることができなくなっているが、スキル「水生の呼吸術」で、堀の水に潜ることが可能になっている。
堀の水に潜って下をくぐって浮上した場所から葦名城 城内に入れるようになっている。
鬼仏の解放
忍軍襲来時、最初は捨て牢の入り口以外の鬼仏は全て使用できないが、それぞれの鬼仏に到達することで、再度使用できるようになる。
一通り全ての行ける鬼仏については一旦訪れておいて解放しておくとよいだろう。
首無し(水中)
鬼仏(名残り墓)側のお城のお堀に潜ると、首無し(水中)との戦闘になる。
赤鬼
城の1階へ入ると(錆丸があった部屋)、赤鬼との戦闘になる。
孤影衆 槍足の正長
鬼仏(白蛇の社)へ行くと、孤影衆 槍足の正長と戦闘になる。
孤影衆 忌み手
鬼仏(天守上階 葦名流伝場)の隣の部屋（葦名流 佐瀬甚助がいた部屋）に入ると、孤影衆 忌み手と戦闘になる。
天守閣へ進む
天守閣へ進み、梟との会話をする。
会話で「掟に従い、御子を捨てる」「掟に背き、御子を捨てない」の選択肢が出る。
この選択肢によって、ストーリーが分岐する。
掟に従い、御子を捨てる
「掟に従い、御子を捨てる」を選ぶと「柔剣 エマ」と戦闘になる。
倒すと引き続き「葦名一心」との戦闘になる。
葦名一心を倒すと「戦いの記憶・葦名一心」、スキル「秘伝・一心」を入手できる。
その後、エンディング(修羅)になる。(トロフィー「修羅」を獲得)
掟に背き、御子を捨てない
「掟に背き、御子を捨てない」を選ぶと、「大忍び 梟」と戦闘になる。
倒すと「戦いの記憶・大忍び 梟」と、「常桜の香木」を入手できる。
※ 掟に背き、御子を捨てないを選んでいる場合は、この後もストーリーが進行する。
御子の間の御子と会話
「掟に背き、御子を捨てない」を選び、梟を倒した場合、御子の間へと向かい、御子と会話後、前にある香炉を調べる。
その後、葦名の底の輿入れの岩戸へと向かい、輿に入ることで、源の宮へと移動できる。
ストーリーの分岐
御子の間では、御子の話を盗み聞きすることができる。
御子から自分自身についての話を盗み聞きした後に再度御子の間を訪れると、エマが御子の間から天守に移動しているので話をすると、御子が自分自身を介錯しようとしていることを止める方法がないか、エマが探すことになる。
梟を撃破後に天守にいるエマと話すことで、巴の手記を入手することができ、その後エマが名残り墓にある墓の前に移動しているので話す。
荒れ寺へ移動し、荒れ寺の裏の隙間から、仏師とエマの話を盗み聞きすることができる。
荒れ寺にいるエマと話をすると「義父の守り鈴」を入手できる。
その後、荒れ寺の仏を調べることで、竜泉川端 平田屋敷(義父の守り鈴入手後)へ移動し、炎上している屋敷の前へと移動する。
このエリアをクリアするとメインストーリークリアのエンディングが変化する。